העמק דבר על שמות כה:כא

ונתת את הכפרת על הארון מלמעלה ואל הארון וגו׳. לא בא הכתוב לבאר הסדר איך שיגיע כל דבר לתכליתו. דא״כ להיפך מיבעי דמתחלה נתינת הלוחות בארון ואח״כ נתינת הכפרת על הארון. ותו הא כבר כתיב ונתת אל הארון וגו׳. אלא לא בא מקרא זה כ״א ללמד שתהא הכפרת על הארון למעלה. ועדיין אין הלשון מדויק כלל על הארון מלמעלה. ועוד הרבה דיוקים הכל יבא עה״נ להלן כ״ו ל״ד ברצות ה׳:

ואל הארון תתן את העדות. אתה בעצמך ולא ע״י שלוחך כמו כל הקמת המשכן וכ״כ להלן מ׳ כ׳. והנה לפי הפשט. העדות היינו הלוחות והכי מבואר במעשה שם. והא דכתיב שלא כסדרן אמרו ע״ז בירושלמי שקלים פ״ו ה״א שאין מוקדם ומאוחר בתורה. ואי׳ שם דר׳ מאיר מפרש דמרומז כאן על הס״ת שניתן אח״כ בארון. וזהו כונה שניה שלמדנו מן הסדר: