ביאור יש"ר על התורה, במדבר כא:טז

ומשם בארה, מן המקומות שזכר למעלה נסעו העם ובאו בארה, והוא קדש שזכר למעלה וישב העם בקדש (לעיל כ' א') שהוא במדבר צי ולפי ששם נתן ה' לישראל מתנת הבאר קראו העם למקום ההוא בארה, וכן שאר המקומות שבהם נתנה הבאר מימיה שנו את שמותם להיות מוסבות שם לכבוד ה' שנתן להם מים, כמו שנפרש בסמוך:

הוא הבאר אשר אמר, לפי שהיתה לישראל באר אחרת קודם לזה בזכות מרים, דהיינו מי הצור שנתנו להם ברפידים בשנה הראשונה לצאתם מארץ מצרים, לכן הוצרך לפרש שאין זו הבאר של רפידים, אלא היא הבאר אשר אמר ה' למשה בשנת הארבעים בהיותם בקדש אסוף את העם וכו', כמו שכתוב והקהל את העדה, (לעיל כ' ח') אבל ברפידים לא צוה לאסוף כל העם אלא הזקנים שבהם, שנאמר וקח אתך מזקני ישראל (שמות י"ז ה'):