ביאור יש"ר על התורה, בראשית א:ב

והארץ, שימוש הוי"ו אינו לחיבור, כ"א להמשיך המאמר, כאומר ואולם הארץ שאמרתי, כי לא דברה התורה על עולם הבא שהוא עולם המלאכים בפרט, רק כללו במלת השמים שזכר בריאתם בפסוק ראשון, ועתה התחיל לדבר בפרט מהארץ שהוא עולם הויה והפסד הנתון לבני אדם:

היתה תהו ובהו, מלת תהו על המקומות שאינן לא לעזר ולא להועיל ליישוב העולם כמו ויתעם בתהו לא דרך (תהלים ק"ז), ומלת בהו על מציאות הפרטים כלם הצריכים להשלמת הארץ אך הם מעורבבים ואין דבר על מקומו, ואמר כאן שאחרי שהמציא הבורא כל יסודות הנבראי' החמריי' עם כחותיהן, עדיין היו בערבוב ובלי סדר נאות, והיו צריכין תקון:

וחשך על פני תהום, העדר האור ולפי שבתחילת הבריאה היו המים מכסים לארץ מכל צד לכן אמר שהחשך היה על פני התהום, כי תהום הוא קרקעית הים, והושאל אל כל דבר גדול ועמוק ורחב ידים, ומלת פנים על פרצוף האדם הנראה בהשקפה ראשונה, ובהשאלה השטח הנראה מכל גשם יקרא פנים, א"כ כונת הכתוב שהחשך היה על כל שטח המים שהיו אז מכסים את הארץ, והנה זכר כאן ג' ענינים, תהו בהו וחשך, ואח"כ פרט תיקונם למפרע, על חשך אמר יהי אור, על בהו אמר יהי רקיע יקוו המים, ועל תהו אמר תדשא הארץ, וכל התקונים האלה לתועלת יצוריו שעשה אח"כ בחמישי ובששי:

ורוח אלהים מרחפת על פני המים. שם רוח נאמר על כל ענין מתפשט ומרחיב עצמו וע"י כן פועל בדבר זולתו, ונגזר מן ורוח לשאול (שמואל א' י"ו כ"ג), ולכן הושאל על האויר היסודי הנושב, לפי שמתרחב ופועל דבר בדבר, וכן נופל על כח מתפשט בנשמת האדם שפועלת על ידו פעולותיה כמו ועבר עליו רוח קנאה (במדבר ה' י"ד), ומטעם זה הושאל כאן שם רוח על הכח האלהי הגדול שבו תיקן פרטי הבריאה, ואמר שהכח העליון הזה התעסק תחלה ופעל במים לתקנם, כי קודם שיתקן את היבשה היה צריך לתקן את המים שהיו מכסים אותה, ולכן היתה התחלת התיקון במים ע"י ההבדלה בין מים למים, וע"י הציווי שיקוו המים אל מקום אחד, שכל זה נעשה ביום השני, ואח"כ תיקן את הארץ:

מרחפת, כמו שהנשר מרחף על גוזליו להטיב עמהם כן כביכול היתה רוח אלהים מרחפת על המים, והכונה ששם הבורא עין השגחתו על המים לתקנם: