ביאור יש"ר על התורה, שמות יז:יד

כתב זאת זכרון בספר, לפי שהחליש יהושע את עמלק חשב משה ששב גמולו בראשו ונענש מדה כנגד מדה, כי הוא בא פעם אחת להחליש את ישראל ופעם אחת נפל לפניהם, לכן גילה לו הש"ית שאין הדבר כן, אלא בהיות עמלק מכת הכופרים החכמים בעיניהם ראוי להפרע ממנו לדור דור בדרך פלא, כמו שנפרע מאנשי סדום ומעדת קורח, וצוהו לכתוב מלחמה זו בספר התורה לזכרון עולם ושישים באזני יהושע, כלומר שיבינהו סוד זה ושאין הדבר כמו שחשב, אלא הסוד הוא:

כי מחה אמחה את זכר עמלק, אני אמחנו בידי החזקה עד שלא יהיה לו זכר תחת השמים על שלא האמין בי וגבה לבו עד להשחית, ואע"פי שבמשנה תורה צוה ה' מחיה זו לישראל, הנה ידע ה"ית כי לא ישלימו הגזירה, כי תמיד ישאר מזרעו לעולם עד אחרית הימים שיעשה ה' זאת בכל נפלאותיו: