גור אריה על בראשית ו:כ

ומאליהן באו וכו'. דאם לא כן מהיכן ידע נח שדבקו במיניהם, אלא שבאו מעצמן (סנהדרין קח ע"ב). ומפני שקשה דמכל מקום אף על גב שבאו מאליהן – שמא במקרה היה נמצא אצל אותן שדבקו במיניהם גם אותן שלא דבקו במיניהם, ולכך הוסיף רש"י שלא היה התיבה קולטת אלא אותן שדבקו במיניהם, ואם היה התיבה קולט אותו העוף ידוע היה שדבק במינו, ואם לא היה התיבה קולטת אותם – בידוע שלא דבק במינו. ואם תאמר מנלן שבאו מאליהן, שמא הכניס כל כך עופות עד שהיה התיבה קולטת אותם, ואז ידע שלא השחיתו דרכם, ונראה דאין זה קשיא כלל, שהרי יש עופות במדבר, ואיך יהיה מכניס העופות שהם במדבר, אלא שמאליהן באו. ועוד איך היה אפשר להיות מכניס כל כך הרבה עד שמצא שנים שתהיה התיבה קולט אותם, שאם כן אתה מטריח הצדיק הרבה פעמים בחינם להביא עופות ולשלחם, אלא שמאליהן באו. ואף על גב דפלוגתא הוא במסכת סנהדרין בפרק חלק (סנהדרין קח ע"ב), רב חסדא אמר כל שהתיבה קלטתו הכניס בה, ורבי אבהו אמר מאליהן באו, סבירא ליה לרש"י דרבי אבהו לטפויי אתא – לומר בודאי כל שהתיבה קולטת הכניס בה, אלא אף מאליהן באו, דאם לא כן קשה מאי מהני 'מאליהן באו' הרי גם שאר עופות יבואו כדרכן, שדרך עופות לשוט בכל המקומות, ואם היתה התיבה קולטת הכל – יבואו עמהם אותן שלא דבקו במיניהם, לכך אמר 'מאליהן באו':

זה בנין התיבה. דאין לומר ביאתו לתיבה, דאם כן "ויעש" השני (להלן ז, ה) למה לי, ועוד דכתיב אחריו (ז, א) "בא אתה וכל ביתך וגומר":